En cuestión de 2 minutos tuve el trozo que queria.

Estuve viendo la opcion de quedarme con un trozo de un fichero mp3, y encontre MP3SPLT-GTK

Es un programa para linux gráfico, muy sencillo (en inglés).

Instalas antes estas librerias:
sudo aptitude install libaudclient1 libmcs1 libmowgli1

Te lo descargas de aquí:
http://www.ubuntips.com.ar/2009/05/02/mp3splt-gtk-055/

Lo instalas así:
sudo dpkg -i mp3splt-gtk_0.5.7a.intrepid_amd64.deb

Cargas el mp3, lo pones en play, después le das al simbolo + para marcar inicio y fin del trozo, y acontinuación le das al boton superior verde o ok, y ya esta.

Un saludo.