El comando xrandr permite ver la configuración actual de los monitores

xrandr
Screen 0: minimum 8 x 8, current 2720 x 1024, maximum 32767 x 32767
HDMI1 connected primary 1440×900+1280+0 (normal left inverted right x axis y axis) 410mm x 260mm
   1440×900      59.90*+
   1280×1024     75.02    60.02 
   1280×720      60.00 
   1024×768      75.08    70.07    60.00 
   832×624       74.55 
   800×600       72.19    75.00    60.32    56.25 
   640×480       75.00    72.81    66.67    60.00 
   720×400       70.08 
VGA1 connected 1280×1024+0+0 (normal left inverted right x axis y axis) 340mm x 270mm
   1280×1024     60.02*+  75.02 
   1280×960      60.00 
   1152×864      75.00 
   1024×768      75.08    70.07    60.00 
   832×624       74.55 
   800×600       72.19    75.00    60.32    56.25 
   640×480       75.00    72.81    66.67    60.00 
   720×400       70.08 
VIRTUAL1 disconnected (normal left inverted right x axis y axis)

El siguiente escript configura el monitor1 llamado VGA1 y poner el monitor2 llamado hdmi1 a la izquiera.

gedit dosmonitores.sh
xrandr  –output VGA1 -s 1280×1024 -r 75 –left-of HDMI1

Hay una herramienta llamada arandr, que es un Screen Layout Editor, que genera el script de forma automática dandole a guardar como. Ejemplo:

xrandr –output VGA-0 –mode 1280×1024 –pos 1920×0 –rotate normal –output DVI-I-1 –off –output DVI-I-0 –off –output HDMI-0 –primary –mode 1920×1080 –pos 0x0 –rotate normal

Seria equivalente a :
xrandr –output VGA-0 -s 1280×1024 -r 75 –right-of HDMI-0