Hay una aplicación muy buena para gestionar las bases de datos bibliográficas la cual se llama
JabRef.

Características:

• La aplicación está hecha en java.
• No da problemas con el juego de caracteres, como pasa en kbibtex
• Es muy cómodo rellenar las entradas y se puede integrar con kile.
• Permite copiar y pegar cite en documentos latex.

Instalación:
sudo aptitude install jabref